كأي عملية جرحية فإن هناك بعض المشاكل التي من الممكن ان تحدث خلال مراحل العملية مثلاً في مرحلة قطع غشاء القرنية وبالرغم من انه جهاز عالي الدقة والتطور الا ان قد تكون عملية القطع غير مكتملة مما قد يسبب تأخير العملية لفترة تزيد عن 3 اشهر لحين التحام الغشاء مرة اخرى او ان تكون عملية القطع اعمق من الطلوب ولو ان هذا نادرا حدوثه او ان القطع كان غير منتظم او ان اعادة الغشاء لم يكن في المكان الاصلي تماماً. كما انه من الممكن ان تحدث بعض المشاكل خلال تسليط اشعة الليزر فقد يحدث ان تكون كمية الليزر اكثر او اقل من المطلوب بالضبط كما انه من الممكن ان يحرك المريض عينه اثناء الليزر كل هذه احتمالات نادرة الحدوث لان العملية يسبقها فحص دقيق جداً لتحديد دقيق لكل متعلقات العملية